Análisis comparativo del genoma de seis aislamientos clínicos de mycobacterium tuberculosis con fármaco resistencia múltiple
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Resumen en español
Mycobacterium tuberculosis (MTB) es el agente causal de la tuberculosis (TB), una enfermedad presente en un tercio de la población y cuyo control se ve amenazado por la co-infección con el virus de inmunodeficiencia humana (VIH) y el surgimiento de cepas Multidrogo-Resistentes (MDR-TB). Con el fin de aportar información que pueda tener importancia en el control y seguimiento de la enfermedad, el análisis de secuencias nucleotídicas es una herramienta que permite la identificación de cambios en el genoma de distintos aislamientos con el objetivo de realizar una caracterización completa que pueda aportar información de las propiedades patógenas de MTB y pueda servir en estudios de transmisión de TB. En este estudio se realizó el ensamble, anotación y comparación del genoma de seis aislamientos MDR-TB utilizando herramientas bioinformaticas. Se estableció la metodología para la corrección, reconstrucción, anotación y alineamiento múltiple de los seis genomas que permitió encontrar deleciones e inserciones de cada aislamiento en comparación con el genoma de referencia H37Rv, además, se encontraron las regiones específicas de cada aislamiento. Deleciones de la secuencia de inserción IS6110 presentaron número y posición diferente en cada aislamiento y una pérdida de fragmento de 6.480 pb comprendiendo los genes Rv2271 a Rv2279 fue la deleción más importante presente en todos los genomas. Las secuencias únicas sumaron un total de 36 entre todos los genomas y se encontraron distribuidas principalmente en los genes de la familia PPE y PE_PGRS y en regiones intergénicas.
Resumen en español
ABSTRAC. Mycobacterium tuberculosis (MTB) is the causative agent of tuberculosis (TB), a disease present in a third of the population and whose control is threatened by co – infection with HIV and the emergence of Multidrug resistance strains (MDR-TB). In order to provide information that can be important in the control and monitoring of the disease, the analysis of nucleotide sequences is a tool that allows identification of changes in the genome of other isolates with the aim of realize a complete characterization who can provide information about MTB pathogenic properties and that may serve in studies of TB transmission. In this study was carried out assembly, annotation and comparison of six MDR-TB isolates using bioinformatics tools. It established the methodology for correction, reconstruction, annotation and multiple sequence alignment of the six genomes what allowed to find deletions and insertions of each isolate in comparison to the reference genome H37Rv. Additional were found the unique regions of each isolate. Deletions of the insertion sequence IS6110 presented different number and position at each isolation and a loss of 6.480 bp fragment comprising the Rv2271 to Rv2279 genes was the most important deletion in all genomes. The unique sequences had a total of 36 and they were mainly distributed in the PPE and PE_PGRS family genes and intergenic regions.
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