AGA. Tesis y Trabajos de Grado
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Examinando AGA. Tesis y Trabajos de Grado por Autor "Bohórquez Lozano, Mabel Elena"
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- PublicaciónAcceso abiertoDIVERSIDAD GENÉTICA DE CUATRO ETNIAS AMERINDIAS COLOMBIANAS Y SU RELACIÓN CON LA ANCESTRÍA, SUBESTRUCTURA Y REGIONES CROMOSÓMICAS PREVIAMENTE ASOCIADAS AL CÁNCER(Universidad del Tolima, 2024) PUENTES PEREZ, CARLOS JAVIER; Echeverry de Polanco, María Magdalena; Bohórquez Lozano, Mabel ElenaIntroducción: Colombia, al Noroccidente Suramericano, es el segundo país con más etnias del continente, ya que sirvió de corredor para las migraciones amerindias a Suramérica. Gracias a su autonomía y autogobierno, las etnias conservan mucho de su cultura y ancestría genética. Aproximadamente un 86% de la población tiene una mezcla triparental, amerindia, europea mayormente de origen español y africana, importante en el cálculo del riesgo heredable a desarrollar enfermedades complejas como el cáncer, dadas las diferencias y similitudes relevantes entre etnias, que permiten buscar asociaciones entre la ancestría y el riesgo. El 4% de la población es indígena y vive en resguardos, capitanías y/o comunidades. Objetivo: Relacionar la diversidad genética de cuatro etnias amerindias colombianas con la subestructura poblacional y ancestría, genotipificando los 24 individuos menos consanguíneos de cada una, con el fin de explorar la relación entre la ascendencia y las variantes previamente asociadas al riesgo de desarrollar cáncer. Métodos: Comité de Bioética UT: aprobaciones del proyecto, cartas de información, consentimientos y demás documentos. Pedigríes: se construyeron con el programa Genopro y la información suministrada por los individuos de las comunidades en las entrevistas socioeconómicas; de los pedigríes se seleccionaron los individuos menos consanguíneos, usualmente los más ancianos, para estudiar la diversidad genética de cada comunidad y con el programa Pedigree Viewer se obtuvieron los datos de consanguinidad. Genotipado de SNPs de riesgo a desarrollar cáncer: Se seleccionaron de las bases de datos como el GWAS catalog, los datos se procesaron en el Centro Nacional de Genotipado (CEGEN), en Santiago de Compostela. Diversidad poblacional global y ancestría: se utilizaron los programas ADMIXTURE y PCA. Análisis y gráficos de los bloques en desequilibrio de ligamiento (LD): se realizaron con el software Haploview. Resultados: -Pedigríes de las 4 etnias-: los Wayuú fueron los más extensos y los Embera presentaron los mayores índices de consanguinidad con un valor de 0.028 seguido de Wayuú con 0.0081, en tercer lugar, los Nasa-Páez con 0.0017 y los Pijaos mostraron un valor de 0. -Ancestría y diversidad-: los análisis de PCA revelan que las 4 etnias están diferenciadas genéticamente; las comparaciones con las poblaciones ancestrales muestran una cercanía con las poblaciones asiáticas del Este y Sur. Los Nasa-Páez y Embera presentan una mayor proporción de ancestría nativo americana (Nasa-Páez: 0.855 y Embera: 0.747); los Pijao y Wayuú muestran grados más altos de mezcla (Pijao: 0.652 y Wayuú: 0.680). -Bloques de haplotipos para las 4 etnias, construidos con los SNPs de riesgo a cáncer-: las poblaciones Embera, Nasa-Páez y Wayuú, presentaron bloques de haplotipos más grandes que los Pijao y las poblaciones ancestrales de referencia (Embera: 11 SNPs asociados en un bloque de 92kb, Nasa-Páez: 15 SNPs asociados en un bloque de 99kb y Wayuú: 6 SNPs asociados en un bloque de 40kb), por ser comunidades cerradas con matrimonios y uniones entre individuos de la misma comunidad, que permiten la conservación de bloques en LD de mayor longitud, debido a que los procesos de mezcla y mestizaje generan puntos de ruptura en el genoma. Conclusiones: Los individuos de la misma población tienden a agruparse entre ellos. Las poblaciones colombianas comparten una misma ancestría, con las asiáticas del este en Siberia. Los Nasa-Páez y Embera son los más conservados. Los pedigríes revelan la consanguinidad de las comunidades Wayuú. Las altas frecuencias de SNPs de riesgo asociados al desarrollo de cáncer pueden reflejar procesos acumulados de deriva genética, ya que su impacto es escaso.
- PublicaciónRestringidoEstudio genético del carcinoma colorrectal esporádico y familiar en Colombia(Ibagué : Universidad del Tolima, 2016, 2016) Bohórquez Lozano, Mabel ElenaIntroducción En este trabajo, se planteó describir las principales características clínicopatologicas y algunos de los fenotipos moleculares de Carcinoma Colorrectal (CCR), enfermedad que presenta altas tasas de incidencia y mortalidad en Colombia. Métodos Se analizaron dos grupos en una muestra de 1278 pacientes a saber: 1) CCR esporádico y 2) CCR con agregación familiar. En el primer grupo, se evaluaron por PCR convencional los genes APC, KRAS y TP53 y, utilizando “Next generation sequencing” (NGS), además de los anteriores, se estudiaron otros 47 genes involucrados con la predisposición a desarrollar cáncer. En el segundo grupo, se analizaron variantes de los genes MMR, MUTYH y APC y otros genes involucrados en síndromes hereditarios como: STK11, PTEN, POLE, SMAD4 y CDH1. Para los análisis de expresión de los genes MMR (Mismatch Repair) hMLH1, se utilizaron métodos inmunohistoquímicos (IHC), usando ADN de tejido tumoral incluido en parafina, para buscar mutaciones somáticas por PCR convencional y NGS con la metodología Ion Torrent. En los casos de CCR con agregación familiar, se aplicaron criterios clínicos, se tomo una muestra de sangre por venopunción periférica, a partir del ADN se crearon librerias genicas, mediante PCR microfluídica de fluidigm y, posteriormente, se secuenciació por Illumina Miseq, las variantes candidatas resultantes se secuenciaron por (sanger); el análisis de inestabilidad microsatelital se realizó por PCR-FCE (fluorescent capillary electrophoresis) usando el panel de Bethesda.Resultados Los resultados muestran que el promedio de edad de los pacientes colombianos con CCR es de 57,4 años, aproximadamente 10 años menor que en los países desarrollados; la enfermedad es más frecuente en el género femenino 53,2%. La frecuencia de los pacientes menores de 50 años (26,5%), es mayor a la esperada, el CCR, en estos casos se asoció a los tipos histológicos agresivos -carcinoma mucinoso y carcinoma en anillo de sello- p=<0.000, los cuales, a su vez, resultaron asociados a inestabilidad microsatelital (MSI-H). La localización más frecuente fue en el recto (31,1%), p=0,002 y el diagnóstico se produjo en estados avanzados de la enfermedad T3-T4 (75,1%) p=0,022. El tipo histológico más frecuente es el adenocarcinoma. La sensibilidad del análisis inmunohistoquímico de MLH1 para la detección de MSI+, fue de 71% (CI: 49 - 87). El análisis por IHC-MLH1 en 575 casos mostró pérdida de la expresión en el 7% de los pacientes. Las pruebas de MSI (inestabilidad microsatelital) se realizaron en 451 casos de CCR; el 23% presentaron alta inestabilidad microsatelital (MSI-H). El panel molecular para genes conocidos, relacionados con CCR esporádico, que esperamos se convierta en una herramienta para el desarrollo de nuevas estrategias diagnósticas y terapéuticas, revela hasta el momento -además de algunas variantes nuevas con potencial patogénico, en fase de validación-, los siguientes porcentajes de mutaciones: KRAS 23,9%, TP53 63,4% y APC 40,3%. Las variantes más frecuentemente encontradas por tipo de gen son: TP53 R175H (26%), KRAS G12D (11%), APC K1363N (14%); el 25% de los pacientes son triple negativos para las mutaciones en estos genes lo que obliga a investigar otras rutas en la carcinogénesis del CCR. El 66% de las mutaciones encontradas por el método NGS resultaron ser no sinónimas, el gen con mayor frecuencia de mutaciones patogénicas por NGS fue el APC (12%).En el grupo de personas con síndromes de CCR con agregación familiar, se muestrearon 459 pacientes, 74% de ellos fenotípicamente sanas, 72% menores de 50 años; se identificaron 48 mutaciones en genes conocidos, de las cuales 18 tienen implicaciones funcionales. El síndrome familiar más frecuente es el de Lynch 85%, con tres mutaciones no sinónimas en MSH2, de las cuales dos se presentaron en más de una familia -MSH2 c.G1034A y MSH2 c.1552C>T, en dos y tres individuos respectivamente, estas variantes fueron reportadas previamente en Europa, pero no se encontraron reportes para Colombia- la tercera es una variante nueva -c.2458+1G>T con potencial patogénico, en evaluación-. Para MLH1, se encontraron la mutación c.C445T, sin reportes conocidos en Colombia y, una variante nueva c.545+1G>C con potencial patogénico, en evaluación. Adicionalmente, en este trabajo se presentan los primeros reportes para Colombia de poliposis asociada a las variantes SMAD4 c.403C>T y MUTYH c.1437_1439delGGA. El 80% del total de las familias corresponde a casos de CCR familiar no sindrómico, generalmente clasificados como like Linch y poliposicos, en los que no se encontraron mutaciones en genes conocidos de alto riesgo para síndromes familiares, por lo tanto, se genera la necesidad de implementar nuevas dianas moleculares para determinar un perfil genético de esos pacientes, que permita establecer el riesgo de padecer la enfermedad. Conclusiones El CCR en Colombia se presenta en promedio 10 años antes comparado con los países desarrollados. Es necesario establecer políticas públicas de tamizaje para CCR en la población menor de 50 años, realizar el tamizaje con Inmunohistoquimica para MLH1 y la determinación de inestabilidad microsatelital, que permiten identificar pacientes en riesgo de ser portadores de mutaciones relacionadas con síndrome de Lynch. La identificación de variantes génicas nuevas y de las mutaciones con primer reporte para Colombia, en genes relacionados con cáncer familiar, permitirá, establecer estrategias preventivas para el tamizaje de dichas mutaciones en la población en riesgo.
