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Diversidad filogenética

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dc.contributor.authorUrrea Montes, Daniel Alfonsospa
dc.contributor.colaboratorVallejo, Gustavo Adolfo (Director)spa
dc.date.accessioned2015-05-20T20:19:57Z
dc.date.available2015-05-20T20:19:57Z
dc.date.issued2008
dc.description194 Páginasspa
dc.description.abstractCon el objetivo de evaluar la diversidad filogenética de los linajes KP1 (+) y KP1 (-) de T. rangeli, se realizó un análisis de RAPD y se secuenciaron directamente los productos de amplificación de la región intergénica del gen mini-exón para su análisis filogenético. Los resultados del análisis de secuencias confirman los obtenidos por análisis de RAPD, encontrándose una clara divergencia filogenética entre las cepas de T. rangeli pertenecientes a los linajes KP1 (+) y KP1 (-) e indicando la presencia de al menos 4 subgrupos de cepas, genéticamente diferentes y asociados a vectores derivados de diferentes líneas evolutivas del género Rhodnius, un grupo KP1 (+) asociado al grupo “prolixus” y tres grupos de cepas KP1 (-) asociados a los vectores R. pallescens, R. colombiensis y R. ecuadoriensis pertenecientes al grupo “pallescens”. La alta homología dentro cada subgrupo contrasta con la alta variabilidad encontrada entre los mismo, soportando la posible existencia de una estructura genética de predominancia clonal. Los resultados también sugieren que las cepas denominadas T. rangeli-like, corresponden a cepas de T. rangeli con problemas de identificación taxonómica, debido al poco conocimiento de las interacciones biológicas entre estas cepas y sus vectores específicos. Este trabajo muestra que el estudio de la coevolución entre los diferentes linajes de T. rangeli y las diferentes líneas evolutivas del género Rhodnius, tienen implicaciones taxonómicas y epidemiológicas, las cuales ayudan a entender el papel de los diferentes genotipos de T. rangeli que circulan en los diferente vectores en Suramérica y su papel en la epidemiologia de la enfermedad de Chagas.spa
dc.description.abstractABSTRACT To evaluate the phylogenetic diversity of the lineages KP1 (+) and KP1 (-) of T. rangeli, it was carried out an analysis of RAPD and secuencing direct of amplification products of the intergenic region of the mini-exon gene for their phylogenetic analysis. The results of the analysis of sequences confirm those obtained by analysis of RAPD, being a clear phylogenetic divergence among the strains of T. rangeli belonging to the lineages KP1 (+) and KP1 (-),indicating the presence of at least 4 subgroups of strains, genetically different and associated to vectors derived of different evolutionary lines of the genus Rhodnius, one group KP1 (+) associated with the group "prolixus" and three groups of strains KP1 (-) associated with the Rhodnius species of the “pallescens” group (R. pallescens, R. colombiensis and R. ecuadoriensis). The high homology inside each subgroups contrasts with the high variability finding among the subgroups, supporting the possible existence of a genetic structure of predominance clonal. The results also suggest that the strains denominated T. rangeli-like, corresponds to strains of T. rangeli with problems of taxonomic identification, due to the little knowledge of the biological interactions between these strains and their specific vectors. This work shows that the study of the coevolution between the different lineages of T. rangeli and the different evolutionary lines of the Rhodnius species, has taxonomic and epidemiological implications, which help to understand the function of the different genotypes of T. rangeli that circulate in the different vectors in Suramérica and its role in the epidemiology of the Chagas illness.spa
dc.description.tableofcontentsRESUMEN ABSTRACT 17 18 1. INTRODUCCIÓN 19 2. JUSTIFICACIÓN 22 3. OBJETIVOS 24 3.1 OBJETIVO GENERAL 24 3.2 OBJETIVOS ESPECÍFICOS 24 4. ANTECECENTES Y ESTADO ACTUAL DEL PROBLEMA 26 5. MARCO REFERENCIAL 36 5.1 CLASIFICACIÓN DE LA FAMILIA TRYPANOSOMATIDAE 36 5.2 BIOLOGIA DE Trypanosoma rangeli 37 5.2.1. Trypanosomas rangeliformes (T. rangeli – like). 37 5.2.2. Vectores de T. rangeli biológicamente probados 38 5.2.3. Ciclo de vida en el huésped invertebrado. 39 5.2.4. Ciclo de vida y multiplicación en el hospedero vertebrado 41 5.5. POSICIÓN TAXONOMICA DEL Trypanosoma rangeli 42 5.4. FILOGENIA DE LA FAMILIA TRIPANOSOMATIDAE 44 5.5. TEORIA CLONAL EN TRYPANOSOMATIDOS 45 5.5.1 Concepto de clonalidad o clon 45 5.5.2 La familia Trypanosomatidae y la teoría clonal 45 5.6. LA FAMILIA TRIATOMINAE 47 5.6.1. Posición taxonómica de los triatominos 48 5.6.2. Variación clinal del grupo Rhodnius pallescens, R. colombiensis y R. ecuadoriensis. 50 5.7. AP – PCR ó RAPD 53 5.7.1. RAPD en parásitos protozoos. 56 5.7.2. Usos de los marcadores RAPD en tripanosomas. 57 5.8 EL GEN MINI-EXON Ó SECUENCIA LIDER 60 8 5.8.1. Aplicaciones de la amplificación del gen mini-exón en tripanosomas. 62 6. MATERIALES Y METODOS 65 6.1. PARASITOS 65 6.2. EXTRACCION DE DNA 68 6.3. CUANTIFICACION DEL DNA 68 6.4. PCR ALEATORIO (AP-PCR) 69 6.5. ELECTROFORESIS Y CONDICIONES DE CORRIDO 71 6.6. ANÁLISIS DE PERFILES DE RAPD 71 6.7. PURIFICACIÓN DE PRODUCTOS DE PCR DE LA REGIÓN INTERGENICA DEL GEN MINI-EXON DE Trypanosoma rangeli 72 6.8. SECUENCIAMIENTO DE DNA 73 6.9. EDICIÓN Y ALINEAMIENTO DE LAS SECUENCIAS OBTENIDAS 73 6.10. ANÁLISIS DE SECUENCIAS 74 7. RESULTADOS 76 7.1 ANALISIS DE RAPD 76 7.2. ANÁLISIS DE SECUENCIAS DE LA REGIÓN INTERGÉNICA DEL GEN MINI-EXÓN DE Trypanosoma rangeli 105 7.2.1. Alineamientos múltiples entre cepas de T. rangeli aisladas de vectores específicos Rhodnis spp., y aislados rangeliformes (T. rangeli-like). 109 7.2.2. Alineamiento múltiple de secuencias de la región intergénica del gen mini-exón de cepas de T. rangeli pertenecientes al linaje KP1 (-). 111 7.2.3. Alineamiento múltiple de secuencias de la región intergénica del gen mini-exón de cepas pertenecientes a los linajes kp1 (+) y kp1 (-) de T. rangeli aisladas de Rhodnius spp., Y mamíferos silvestres (rangeliformes). 115 7.3. ANÁLISIS FILOGENÉTICO. 121 7.3.1. Análisis filogenéticos de cepas de T. rangeli aisladas de Rhodnius prolixus y R. pallescens. 121 7.3.2. Análisis filogenéticos de cepas de T. rangeli aisladas de Rhodnius prolixus y R. colombiensis. 123 7.3.3. Análisis filogenéticos de cepas de T. rangeli aisladas de Rhodnius prolixus y R. ecuadoriensis. 124 9 7.3.4. Análisis filogenéticos de cepas de T. rangeli aisladas de Rhodnius prolixus y T.rangeli-like (rangeliformes). 125 7.3.5. Análisis filogenéticos de cepas de T. rangeli pertenecientes al linaje KP1 (-). 126 7.3.6. Análisis filogenéticos de cepas de T. rangeli pertenecientes a los linajes KP1 (+) y KP1 (-) aisladas de Rhodnius spp., y mamíferos silvestres. 127 8. ANÁLISIS Y DISCUSIÓN DE RESULTADOS. 132 8.1. ANÁLISIS DE PERFILES DE PCR-RAPD. 132 8.2. ANÁLISIS DE SECUENCIAS DE LA REGIÓN INTERGÉNICA DEL GEN MINI-EXÓN. 140 8.3. ANÁLISIS FILOGENÉTICO DE LA REGIÓN INTERGÉNICA DEL GEN MINI-EXÓN. 145 8.4. APORTES A LA INTERACCIÓN T. rangeli – Rhodnius spp. 151 9. CONCLUSIONES. 158 10. RECOMENDACIONES. 160 11. CITAS REFERENCIADAS 161 12. BIBLIOGRAFÍA. 171spa
dc.format.mimetypeapplication/pdfspa
dc.identifier.citationUrrea Montes, Daniel Alfonso. Diversidad filogenética de los linajes kp1 (+) y kp1 (-) de trypanosoma rangeli, mediante marcadores rapd y secuencias del gen mini-exon. Ibagué: Universidad del Tolima, 2008. <http://repository.ut.edu.co/handle/001/1398>spa
dc.identifier.localT0938 033
dc.identifier.otherCD 3403
dc.identifier.urihttps://repository.ut.edu.co/handle/001/1398
dc.language.isospaspa
dc.publisherIbagué: Universidad del Tolima, 2008.spa
dc.publisher.providerCountry170 COL COspa
dc.rightsAtribución-NoComercial-CompartirIgual 2.5 Colombia (CC BY-NC-SA 2.5 CO)spa
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dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/co/spa
dc.subjectTrypanosoma rangelieng
dc.subjectRAPDspa
dc.subjectMini-exóneng
dc.subjectAnálisis filogenéticospa
dc.thesis.disciplineFacultad De Ciencias, Maestría En Ciencias Biológicasspa
dc.thesis.grantorVallejo, Gustavo Adolfo (Director)spa
dc.thesis.levelMaestríaspa
dc.thesis.nameMagíster en Ciencias Biológicasspa
dc.titleDiversidad filogenéticaspa
dc.typeTrabajo de grado - Maestríaspa
dc.type.dcmi-type-vocabularyTextspa
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