Examinando por Materia "SNPs de susceptibilidad"
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- PublicaciónAcceso abiertoAnálisis genético del carcinoma de tiroides en una muestra de pacientes colombianos(Ibagué : Universidad del Tolima, 2015, 2015-08) Estrada Florez, Ana PatriciaEl carcinoma de tiroides (CT) es la neoplasia más común del sistema endocrino y su incidencia en Colombia se ha incrementado en los últimos años. El cáncer es una enfermedad genética, esporádica o hereditaria, que puede desencadenarse por interacción de factores genéticos y ambientales. Diversos estudios epidemiológicos, han mostrado una relación entre el riesgo de padecer CT y el impacto de factores externos como: el estrato socioeconómico, el nivel educativo y el consumo de alcohol y cigarrillo. De otra parte, dado que existe una mayor incidencia en el género femenino, se ha planteado la posibilidad de encontrar diferencias de tipo hormonal, entre casos y controles sanos, evaluando factores como la planificación hormonal, la edad de la menarquia y menopausia, el número de hijos nacidos vivos y la lactancia. Teniendo en cuenta lo anterior, en el presente estudio, se analizaron dichos factores a partir de las entrevistas de 253 pacientes, pareados por género y lugar de procedencia, con controles sanos, mayores de 50 años y sin antecedentes familiares de cáncer en primer y segundo grado de consanguineidad. Se evidenció una mayor ocurrencia de cáncer de tiroides en las mujeres que en los hombres, con una relación de 8:1; el carcinoma papilar fue el más frecuente (93,5%), seguido por el folicular (5,9%) y medular (<1%). La edad promedio de diagnóstico fue de 46 años en casos con carcinoma papilar de tiroides (PTC, por sus siglas en inglés), y de 45 años en hombres y 60 años en mujeres con carcinoma folicular de tiroides (FTC, por sus siglas en inglés). El análisis del riesgo mediante el cálculo de Odds ratio (OR), reveló que existe un incremento significativo en el riesgo de padecer la enfermedad en pacientes de estrato socioeconómico medio-alto y el nivel de escolaridad superior, además, se presentó un incremento del riesgo en los casos que presentaron menarquia temprana, planificación hormonal y menopausia no funcional. 17 De otra parte, en cuatro análisis GWAs de pacientes de Europa y Asia, se ha reportado el incremento de la susceptibilidad en personas con el alelo de riesgo para los polimorfismos de los SNPs: rs1867277, rs965513, rs944289, rs116909374, rs2439302, rs966423 y rs6983267, y considerando que no han sido estudiados en poblaciones de América del Sur, se realizó la genotipificación alelo especifica de estos polimorfismos, usando el sistema KASPAR. A partir de los genotipos obtenidos, se realizaron pruebas de equilibrio de Hardy Weingber (HW) y de asociación en el programa Plink, encontrándose que todos presentan un incremento significativo del riesgo, a excepción del rs966423, que no cumplió con el equilibrio de HW, por lo tanto, no se incluyó en los cálculos de OR individuales y combinados. El análisis combinado de los SNPs rs965513, rs944289, rs116909374, rs2439302 y rs6983267, reveló estar relacionados con una probabilidad tres veces superior en los portadores de 7 o más alelos riesgo. La mayor parte de los diagnósticos actuales no son concluyentes, pues se basan en la aspiración por aguja delgada (BACAF). Afortunadamente, ha tomado fuerza el diagnóstico molecular, basado en el análisis de mutaciones en genes como BRAF, asociados con el desarrollo, mal pronóstico, recurrencia, metástasis de la enfermedad y respuesta a tratamientos pre y post quirúrgicos. Por esta razón, se amplificó y secuenció el exón 15 del gen BRAF, en el ADN de 164 muestras de tejido tumoral tiroideo, encontrándose que la mutación V600E, se presentó en el 55% de las muestras de PTC, sin variaciones entre género y edad de diagnóstico, pero con una mayor frecuencia en casos con complicaciones como lesiones bilaterales, mayores a 1cm y con metástasis a ganglios linfáticos. Adicionalmente, se realizó la detección por PCR aleloespecifica de esta mutación en muestras de sangre de 239 pacientes, las cuales fueron homocigotas para el alelo silvestres en su totalidad, confirmando la naturaleza esporádica y especificidad de la mutación V600E en este tipo histológico.
- PublicaciónAcceso abiertoAnálisis genético y clínico patológico del carcinoma gástrico en una muestra de pacientes colombianos(Ibagué : Universidad del Tolima, 2016, 2016) Suarez Olaya, John JairoEl cáncer gástrico (CG), es la tercera causa principal de muerte en el mundo, siendo la primera de ellas para los hombres colombianos y la tercera en las mujeres. Aunque se plantea que aproximadamente en el 10% de los casos se observa agregación familiar, sólo entre un 1% y un 3% puede explicarse por mutaciones germinales en el gen de alta penetancia CDH1. En diversos estudios epidemiológicos, se han encontrado factores de riesgo asociados con la susceptibilidad a desarrollar este tipo de cáncer; entre ellos se cuentan: el estilo de vida, el consumo de tabaco y el de alcohol, la alimentación y algunos aspectos infecciosos relacionados con la presencia del virus Epstein – Barr (EBV) y la bacteria Helicobacter pylori (H. pylori), no obstante, para otros como el índice de masa corporal (IMC) y algunas características ginecológicas, su asociación sigue en discusión. Con base en lo anterior, en el presente estudio, se analizaron dichos factores, además del cuadro clínico-patológico de 143 pacientes con CG colombianos, pareados por género y lugar de procedencia, con 164 controles mayores de 50 años, sin historia personal o familiar de cáncer. Los resultados mostraron que esta enfermedad es más frecuente en hombres que en mujeres (1,69:1). El porcentaje de los casos mayores de 50 años, fue del 75,53% y la edad media del diagnóstico, 62 años en ambos sexos. Para los casos jóvenes (<50 años), el porcentaje fue de 24,47%, y los promedios de edad fueron de 39 y 40 años para hombres y mujeres respectivamente. Según la clasificación de Lauren, el cáncer gástrico intestinal (CGI), fue el más frecuente (45,4%), seguido del CG difuso (CGD) (39,4%), y del mixto (CGM) (15,2%). El CGD fue más alto que en los reportes anteriores (5%-15%). En hombres, el mayor riesgo de CG se asocia con estratos socio-económicos y educativos bajos, consumo de alcohol y cigarrillo, antecedentes de trastornos respiratorios, endocrinos y factores infecciosos. El 57,1% de los casos fueron diagnosticados con CGI, localizado en la parte distal del estómago en estado avanzado y presencia de glándulas mal diferenciadas. En mujeres, el aumento del riesgo se asoció con el consumo de bebidas alcohólicas, tabaquismo activo y/o pasivo y el consumo de anticonceptivos hormonales. Las pacientes jóvenes (<50 años), presentaron mayor porcentaje de CGD, localizado en su mayoría en el estómago distal y con tumores en estados avanzados (TNM III y IV), y pobremente diferenciados. El 24,8% de los pacientes presentó antecedentes familiares de CG y el 35,9% tenía parientes en primero o segundo grado de consanguinidad, afectados por otros tipos de cáncer. El cáncer colón-rectal, fue la segunda neoplasia más frecuente en los miembros de las familias. De otra parte, en países occidentales, el riesgo a desarrollar lesiones gástricas se ha explicado por mutaciones en genes de alta penetrancia -CDH1 y TP53- y penetrancia moderada -hMLH1, PSCA, FAT4, ARID1A, CTNNB1, CYP2E1, CYP26B1 y MUC1-. En Colombia, son escasos los estudios que correlacionen la susceptibilidad a desarrollar CG en personas con el alelo de riesgo para los polimorfismos de los SNPs: rs12155758 (PSCA), rs4072037, rs2070803 (MUC1), rs3813867, rs2031920 (CYP2E1), rs707718, rs2286965, rs2241057 y rs3768641 (CYP26B1). En este trabajo, se realizó la discriminación alélica de estos polimorfismos, mediante PCR alelo-específica competitiva, usando el sistema KASP (LGC Genomics). A partir de los genotipos obtenidos, se realizó el análisis de riesgo para los portadores de los genotipos susceptibles, en el programa Plink 1.07, encontrándose -en hombres- que los SNPs rs4072037 y rs3813867, se asocian con un aumento del riesgo a desarrollar CGI y con la aparición y progresión del tumor. El rs12155758, se asoció con el incremento del riesgo de CGD y con las características del tumor. Para los SNPs rs2070803 y rs2031920, se registró asociación con la disminución del riesgo de desarrollar CGI en hombres, incluyendo las etapas iniciales del tumor. El análisis combinado de los SNPs rs4072037, rs3768641, rs3813867 y rs12155758, reveló que ser portador de entre seis y ocho alelos mutados, representa una asociación con el riesgo cuyo OR es de 6.02 (IC95% 2,23-16,24; P=0,0002); los individuos sanos, portadores de dos alelos mutados de los SNPs rs2031920 y rs2070803, mostraron una asociación con la disminución del riesgo con un OR de 0.31 (IC95% 0.16-0.60; P=0.0003). La comparación de las frecuencias registradas para los alelos de riesgo de la muestra, con las respectivas, del proyecto 1000 genomas para cinco poblaciones de referencia -Africana, Americana, Europea, Sur y Este de Asia-, evidenció que la presencia de los alelos C del SNP rs3813867 y A del rs12155758, fue mayor en los pacientes, lo cual refleja las diferencias ancestrales entre las poblaciones y la posible asociación de las mutaciones con el aumento del riesgo de desarrollar la enfermedad en la población colombiana. De otra parte, las frecuencias de los alelos A del rs4072037, A del rs2070803 y T del rs2031920, fueron similares a la de la población del Este de Asia, lo cual identifica, el origen asiático ancestral compartido a las nativas nuestras. Los resultados encontrados en este estudio, indican que las mutaciones especificas en algunos genes relacionados con la susceptibilidad de riesgo en el desarrollo de CG, especialmente de tipo intestinal y difuso y las interacciones con algunos factores clínico-patológicos estudiados, se asocian con el riesgo a desarrollar la enfermedad, lo cual podría explicar, en parte, la aparición del CG en la población colombiana.